Esta antiquísima población fue fundada y habitada desde los tiempos precolombinos por indios yaquis o pipiles. Su nombre autóctono, Huitzapan, quiere decir en legua náhuat "río de las espinas", ya que proviene de huitz, espina, y apan, río. No ocupó el primitivo Huitzapan el paraje donde hoy se encuentra, sino un sitio ubicado al Norte, en donde se localizan con frecuencia objetos del arte arcaico y otros vestigios arqueológicos.